Badanie rezonansu magnetycznego, w zależności od rodzaju, trwa od kilkunastu do kilkudziesięciu minut. W trakcie badania pacjent jest umieszczany na ruchomym stole w centrum skanera MRI.
Badanie jest bezbolesne, jednak może wywoływać uczucie dyskomfortu, z powodu konieczności przebywania przez dłuższy czas w jednej pozycji i wysokiego poziomu hałasu wewnątrz urządzenia.
Dla podniesienia komfortu wewnątrz tunelu zainstalowane jest dodatkowe oświetlenie oraz wentylacja. Na czas badania Pacjent ma zakładane słuchawki z muzyką lub tłumiące hałas. Dzięki zastosowaniu w aparacie programu SofTone i ComforTone gradienty są bardzo ciche, co zwiększa komfort badania.
Konstrukcja aparatu zapewnia łatwy dostęp do pacjenta i umożliwia obserwowanie go ze stanowiska operatora przez cały czas badania. Podczas badania Pacjent pozostaje w kontakcie z personelem pracowni.
W niektórych przypadkach obecny przy badaniu lekarz radiolog może zlecić podanie środka kontrastowego, co podnosi wartość diagnostyczną badania w przypadku np. zmian nowotworowych, zapalnych lub niespecyficznych. Stosowane w badaniach MR środki kontrastowe mogą być stosowane nawet u pacjentów z alergią na kontrast używany w badaniach rentgenowskich